Necmettin Erbakan Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Muzaffer Şeker, öğrencilerinden kazandıkları üniversitenin diplomasıyla mezun olma taleplerini YÖK’e bildirdiklerini; ancak YÖK’ün ‘Hangi tarihte kazanmış olursa olsun mezun olduğu fakültenin bağlı olduğu üniversiteye ait diplomayı alacağı’ yönünde karar verdiğini söyledi. YÖK’ün konu hakkında kendilerinden bir Betgram yazı istediklerini belirten Rektör Şeker, “YÖK yazımız üzerine konuyu kendi içinde tartıştı. Biz Necmettin Erbakan Üniversitesi olarak söz konusu öğrencilerin Selçuk Üniversitesi diploması taşımasında üniversitemiz açısından bir sorun teşkil etmediğini bildirdik. Ama YÖK, bunun sahtecilik de dahil olmak üzere kayıtların tutulması gibi birçok soruna neden olacağından kim hangi fakülteden mezun oluyorsa tarih itibariyle oranın diplomasını almasının zorunlu olduğuna karar verdi. Bu karar, bizim dışımızda olan YÖK’ün vermiş olduğu karardır. Bunu düşününce biz de doğru olduğuna hükmettik.” dedi.
Selçuk Üniversitesi bünyesinde bulunan Meram Tıp Fakültesi, İlahiyat Fakültesi ve Meram Eğitim Fakültesi Necmettin Erbakan Üniversitesi’ne bağlandı. Söz konusu fakülteleri 2010 yılından önce Selçuk Üniversitesi olarak kazanan öğrencilerin büyük çoğunluğu kazandığı üniversiteye ait diploma alacaklarını umuyordu. Ancak, YÖK’ün kararı öğrencilerin beklentilerinin aksinde oldu.